年终清理是对全年预算资金收支、其他资金收支活动进行全面的清查、核对、整理和结算的工作。

年终清理主要包括：

(1)核对年度预算。预算数字是考核决策上办理收支结算的依据，也是进行会计结算的依据。年终胶，各级总预算会计，应配合预算管理部门把本级财政总预算与上、下级财政总预算和本级各单位预算之间的全年预算数核对清楚。追加追减、上划下划数字，必须在年度终了前核对完毕。为了便于年终清理，本年预算的追加追减和企业事业单位的上划下划，一般截止11月底为止。各项预算拨款，一般截至12月25日为止。

(2)清理本年预算收支。凡属本年的一般预算收入，都要认真清理，年终前必须如数缴入国库。督促国库在年终库款报解整理期内，迅速报齐当年的预算收入。应在本年预算支领列报的款项，非特殊原因，应在年终前办理完毕。清理基金预算收支和专用基金收支。凡属应列入本年的收入，应及时催收，并缴入国库或指定的银行账户。

(3)组织征收机关和国库进行年度对账。年度终了后，按照国库制度的规定，支库应设置10天的库款报解整理期(设置决算清理期的年度，库款报解整理期相应顺延)。各经收处12月31日前所收款项均在“库款报解整理期”内报达支库，列入当年决算。同时，各级国库要按年度决算对账办法编制收入对账单，分类同级财政部门、征收机关核对签章。保证财政收入数字的一致。

(4)清理核对当年拨款支出。各级总预算会计对本级各单位的拨款支出应与单位的拨款收入核对清楚。对于当年安排的非包干使用的拨款，其结余部分应根据具体情况处理。属于单位正常周转占用的资金，可仍作为预算支出处理；属于应收回的拨款，应及时收回，接按收回数相应冲减预算支出。属于预拨下年度的经费，不得列入当年预算支出。

(5)清理往来款项。各级财政的暂收、暂付等各种往来款项，要在年度终了前认真清理结算，做到人欠收回，欠人归还。应转作各项收入或各项支出的款项，要及时转入本年有关收支账。

(6)清理财政周转金收支。各级财政预算部门或周转金管理机构应对财政周转金收支款项、上下级财政之间的财政周转金借入借出款项干地清理。同时对于各项财政周转金贡放款进行清理。财政周转金明细账由财政业务部门核算的，各预算部门或周转管理机构与业务部门的明细账进行核对，做到账相符。

(7)进行年终财政结算。各级财政要在年终清理的基础上，结清上下级财政总预算之间的预算调拨收支和往来款项。要按照财政管理体制的规定，计算出全年应补助、应上解和应返还数额，与年度预算执行过程已补助、应上解和应返不断数额，与年度预算执行过程已补助、已上解和已返还数额进行比较，结合借垫款项，计算出全年最后应补或应退数额，填制“年终财政决策结算单”，经核对无误后，作为年终财政结算凭证，据以入账。。