土司制度是在唐宋时期的羁縻州县制的基础上发展而来，核心就是“以土治土、土人自治”，用少数民族的土官来治理少数民族地区的土民。元朝和明朝前期比较盛行，也在很长一段时期内发挥了积极作用，维护了地方稳定，保持了国家的统一，有些边境的土司，甚至还保有军队，参加过抵御倭寇的战役，保卫了大一统国家的边疆。

广西狼兵抗倭

明朝前期，共计设有宣慰司、招讨司、宣抚司、安抚司、长官司214个土司区，最多时有243个，其中四川46个，云南57个，贵州65个，广西56个，湖广19个。

世袭制的土司管理范围内，土司的权利过大，成为事实上的国中之国或诸侯，对内残暴压迫，对外争夺地盘，甚至与中央王朝作对。

明朝中叶后，商品经济发展起来了，时代进步了，在汉族地主和本民族新兴地主的推动下，在先进文化传播下，土司在自己领地也渐渐发现，农奴制那种老一套有点行不通了，跟着汉族学坏了的少数民族们开始追求自由了。

几百个大大小小的少数民族自治区让中央王朝头痛之处还在于一国两制导致的政令不通，威胁到了中央王朝在南方多民族地区的统治的稳定，于是从明朝中后期，中央王朝就开始了撤销自治区、废土改流的努力尝试，一点点的废掉世袭的土官，改为中央任命的流官。

清朝雍正年间，在云贵总督鄂尔泰的建议下，全面的改土归流政策开始实施，澜沧江以东的土司区在这段高潮下几乎全被整理一遍，“剿抚兼施、恩威并重”，“顺应从宽，抗拒从严”，先后在贵州荡平和招抚两千苗寨，缴纳广西土司敕印和兵器两千余，两湖、四川这些距离汉民族近的土司区更是提心吊胆，主动上交印信，使得大部分地区实现了改土归流的目的。

一直到清朝末年，“剪除土官、清查田土、以增赋税、以靖地方”的改土归流过程仍在继续，并推行到中国北方的甘肃、内蒙地区，清朝灭亡前一年的1910年，四川总督赵尔丰还在巴塘、甘孜地区等地致力于土司改流。

新中国成立后，落后的土司制度才得以彻底走入历史的深处。