【导读8月3日,在经历过长达一年多的纷争和等待后,《自然-生物技术》应韩春雨等作者的要求,撤稿其发表于2016年5月的NgAgo论文。《自然-生物技术》在撤稿声明中说:当研究重复性时,有一点我们是知道的,那就是这需要花时间来做。就这篇有关NgAgo的论文而言,现在是时候了,数据已经说话了。



《自然-生物技术》应韩春雨等人要求撤稿


来源:Nature自然科研、知社学术圈、澎湃新闻

整合:戚尓武


在国内外学者几番公开质疑其可重复性过去一年后,河北科技大学副教授韩春雨关于新基因编辑技术NgAgo-gDNA的论文,已由《自然-生物技术》撤回。


8月2日,《自然-生物技术》发表社论《是该数据说话的时候了》,正式宣布撤回韩春雨等人发表于2016年5月的NgAgo论文。撤稿申请由韩春雨等作者主动提出。


在学术出版里,受到广泛质疑的论文在期刊的调查和协调下,往往由论文作者主动向期刊申请撤稿,以减少对论文作者科学信誉的伤害,同时避免更多的科研工作者继续引用该论文。


截至发稿,NgAgo这篇文章在Website of Science 已经被引53次,位列Highly Cited Paper。Google Scholar更显示其被引116次。


《自然-生物技术》社论全文如下——



标题:是该数据说话的时候了

doi:10.1038/nbt.3938


一项宣称通过Argonaute酶实现基因编辑的研究被撤回,这显示了论文发表后的同行评议在全天候媒体时代的重要性。


本期,韩春雨及同事撤回了发表于去年5月的一篇论文。该论文称,短5′磷酸化单链DNA可引导格氏嗜盐碱杆菌核酸内切酶(NgAgo)产生双链断裂,实现对人类基因组的编辑。论文一发表,便引起科研人员的极大兴趣和媒体的竞相报道。


但是很快,在推特、博客和其它社交媒体的助燃之下,有关该研究可重复性的质疑开始迅速增多。


去年11月,本刊发表了“编辑部关注”(Editorial Expression of Concern),提醒科研界留意这些可重复性方面的担忧。为了最终解决这个争议,多个研究小组在数月里生成了更多的实验数据。如今尘埃落定,这也是世界各地的许多实验室为澄清NgAgo的功能而付出的大量时间、精力和资金的证明。


韩春雨的这篇论文自去年发表后所产生的影响力,再怎么夸张地说也不为过,尤其是在论文的来源地中国。中国媒体纷纷进行报道,以大标题宣告一项全新基因编辑系统的发现。


这无疑是一篇中国去年被报道最多的论文;媒体监测公司融文(Meltwater)的数据显示,仅在论文发表后的最初两个月,就有将近4000篇相关的中文新闻报道。


NgAgo的轰动之处集中在它有可能补充,甚至取代CRISPR/Cas9基因编辑系统之一点上。NgAgo有望以一个目标序列进行基因编辑(Cas9不仅需要目标序列,还需要另外一个附近的识别(PAM)序列)。


而且,初始数据还显示了它在其它方面的优势,如引物的稳定性更强(DNA相对于Cas9采用的RNA),增强特异性,减少基因组编辑脱靶,改善在基因组富含GC区域的活性,以及使所用的试剂更易于合成和处理。



如果说这一切都听上去太过美好而令人难以置信,那么去年夏天以来,随着越来越多的实验室无法重复该论文所报告的基因组编辑功能,质疑声便开始出现了。在各种基因组编辑会议上,在新闻讨论组和电子邮件中,这篇论文成为最热话题之一。


这很快便引起媒体注意,有关该初始报告有效性的正反两方面的声音开始交锋。我们内部的图像完整性筛查没有发现韩春雨论文的明显异常,复查数据的三位外部评审人也持相同观点。


在此期间,《自然-生物技术》一直与科研界保持联络,关注各种为重复论文所做的持续努力。最终,在编辑们的协调下,三个独立小组的成果形成了一篇单独的反驳性论文,并通过了同行评议(Nat. Biotechnol.34, 768–773, 2016)。有了这些数据,我们就有充分的理由去提醒读者留意该论文可能存在问题,我们将正式的“编辑部关注”发表在该篇论文所在的网址上,此举得到包括韩春雨在内的两位论文作者的支持。


我们也询问了论文作者是否可以解答科研界为何难以重复他们的结果。于是,去年12月,韩春雨及同事,还有另外几个与本刊联系的独立研究小组,提供了新的数据,称已经重复了NgAgo基因编辑活性。


当时,本刊编辑和一位外部评审人都判定这些数据太过初级,不满足发表标准。因此,我们决定给这些原始论文作者和新的研究小组更多时间来收集更多的能支持其论点的实验证据。



现在,距原论文发表已过去了一年多,我们了解到当初曾报告说初步成功重复出实验结果的独立研究小组,无法强化初始数据,使其达到可发表的水平。类似的,在征求专家评审人的反馈意见后,我们判定韩春雨及同事提供的最新数据不足以反驳大量与其初始发现相悖的证据。我们现在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发表科研记录完整性的最好做法。


这篇有关NgAgo的论文发表出来,并不是科研过程的结束,而是开始。与任何其它发表出来的报告一样,正是广大的科研共同体对相关方法进行了检验,识别潜在的错误来源,验证试剂并优化试验。在本例中,有多位敬业的研究者个人对已发表实验方法的各种细节进行检验,并完成记录翔实和有对照组的反驳性研究 (Protein Cell 7, 913, 2016; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLoS One, 12, e0177444, 2017)。 


这篇NgAgo论文也显示了社交媒体的利与弊。显然,这些平台对于迅速提醒广大科学界留意该论文可能存在的问题发挥了重要作用。但是,它们也抬高了人们的预期,以为有关这篇论文的问题是直截了当,可以快速解决的。


然而,关于NgAgo的各种问题是无法在几个星期或几个月内就能澄清的,这是有原因的。即使是简单的实验也需要花费数周来准备、实施、分析和解决出现的问题。另外于事无益的是,那些进行可重复性研究的人,其付出的努力往往得不到回报——这样的工作单调乏味,没有资金支持,还吃力不讨好。


难怪在希望得到快速、明确答案的全天候媒体和公众眼中,论文发表后的同行评议流程似乎慢得让人沮丧。但是,当涉及生物学时,往往没有明确的答案。当研究重复性时,有一点我们是知道的,那就是这需要花时间来做。就这篇有关NgAgo的论文而言,现在是时候了,数据已经说话了。


社论链接:

http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3938.html



附:韩春雨等作者的撤稿声明


Retraction: DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute

撤稿:利用NgAgo进行DNA引导的基因组编辑


Feng Gao, Xiao Z Shen, Feng Jiang, Yongqiang Wu & Chunyu Han

高峰,沈啸,姜峰,武永强和韩春雨


Nat. Biotechnol. 34, 768–773 (2016); published online 2 May 2016; addendum published after print 28 November 2016; retracted 2 August 2017; doi:10.1038/nbt.3547


Nat. Biotechnol.34, 768-773 (2016); 2016年5月2日在线发表,论文进入印刷版后2016年11月28日在线发表补编;2017年8月2日撤稿;doi:10.1038/nbt.3547


We are retracting our study because of the continued inability of the research community to replicate the key results in Figure 4, using the protocols provided in our paper. In this figure we report that the Natronobacterium gregoryi Argonaute can efficiently create double-strand breaks and edit the genome of human cells using 5ʹ phosphorylated single-stranded DNA as a guide.


由于科研界一直无法根据我们论文提供的实验方案重复出论文图4所示的关键结果,我们决定撤回这项研究。在该图中,我们报告说,利用5′磷酸化单链DNA作为引导,NgAgo(Natronobacterium gregoryi Argonaute)能够有效引起双链断裂,并对人体细胞基因组进行编辑。


Despite the efforts of many laboratories (Protein Cell 7, 913–915, 2016; Nat. Biotechnol. 35, 17–18, 2017; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLOS One 12, e0177444, 2017), an independent replication of these results has not been reported. 


虽然许多实验室都进行了努力(Protein Cell 7, 913-915, 2016; Nat. Biotechnol.35, 17-18, 2017; Cell Res.26, 1349-1352, 2016; PLOS One 12, e0177444, 2017) ,但是没有独立重复出这些结果的报告。


We are therefore retracting our initial report at this time to maintain the integrity of the scientific record. We nevertheless continue to investigate the reasons for this lack of reproducibility with the aim of providing an optimized protocol.


因此,我们现在撤回我们的最初报告,以维护科学记录的完整性。不过,我们会继续调查该研究缺乏可重复性的原因,以提供一个优化的实验方案。


注:上述内容由自然科研上海办公室负责翻译。中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。



延伸阅读


NgAgo事件主要发展过程与关键时间点


来源:知社学术圈(ID:zhishexueshuquan)


2014年2月  兰科学家John van der Oost在Nature杂志发表论文,报道TtAgo可以在高温条件下体外切割DNA。韩春雨受到启发,开始利用Argonaut进行基因编辑,并在2014年5月中旬取得关键突破。


2015年6月3日  韩春雨向Nature Biotechnology投稿。12月21日,浙江大学沈啸和韩春雨提交“以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术”的专利保护申请。2016年3月21日,Nature Biotechnology接收韩春雨的投稿,并在5月2日在线发表其题为DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute论文。


2016年5月8日  多家知名微信公众号先后报道韩春雨在极端艰苦与简陋的条件下,做出世界级的科技成果,韩春雨首次进入大众视野,引发热议,并受到许多媒体热捧。


2016年5月27日  首个声称未能重复韩春雨实验的帖子在未名空间BBS出现,据称来自中科院上海分院。其后此类质疑在不同平台不断涌现,NgAgo基因编辑技术的争议开始进入大众视野。



2016年7月13日  韩春雨当选为河北省科协副主席,并在当月被河北科大推荐为“长江学者奖励计划”候选人。8月31日,河北省发改委批复同意投资2.24亿建设河北科大基因编辑研究中心。9月30日,河北科技大学推荐韩春雨做为“万人计划”“中青年科技创新领军人才”。同时,基金委网站显示,韩春雨获批题为“NgAgo-gDNA基因编辑技术的完善与应用探究”的100万科学基金,自2017年1月开始,为期两年。


2016年7月21日  中科院神经所研究员仇子龙发表声明,称能在基因组水平看到NgAgo引起的基因编辑,并呼吁韩春雨尽快发布NgAgo 2.0版和Smart版。这是韩春雨之外迄今唯一实名宣布加入NgAgo和ssDNA后可以看到基因编辑的研究组。


2016年7月29日  澳大利亚科学家Gaetan Burgio发表长文,表示不能重复韩春雨论文图4的结果;国际转基因技术协会则给会员群发邮件,告诫大家“NgAgo无法在哺乳动物细胞中进行基因编辑……不要再浪费时间、金钱、人力和课题。” 这一新的发展随后被国内多家知名微信公众号与媒体报道。


2016年8月2日  Nature Biotechnology首次对争议表态,“已有若干研究者联系本刊,表示无法重复这项研究。本刊将按照既定流程来调查此事。” 8月8日,Nature杂志则争议做了专题新闻报道,称有不愿透露姓名的科学家向Nature记者证实实验的可重复性。河北科技大学则表示,在一个月之内韩春雨将采取适当形式公开验证,届时将有权威第三方作证。8月9日,韩春雨应Addgene要求,发布新版的protocol(实验流程)



2016年9月4日  知名微信公众号与诸多媒体纷纷指出“一个月”期限已到,之前所传“韩春雨将采取适当形式公开验证,届时将有权威第三方作证”的承诺并未兑现,争议再次成为焦点。


2016年10月10日  《科技日报》头版刊发《韩春雨就“重复实验失败”答科技日报记者问》。在接受采访的时候,韩春雨拒绝自证清白。同天晚些时候,12位学者实名发声,公开表示他们所在的实验室未“重复”出韩春雨的实验。记者随后致电韩春雨,韩春雨表示 “我不做任何评价”,“过上一两周左右,我们这边还会有回应。”


2016年10月14日  河北科技大学向媒体提供一份题为《关于舆论质疑韩春雨成果情况的回应》的书面材料,表示学校对此事一直给予积极关注。学校还指出,就科学研究的一般规律而言,一项新的科学发现往往需要一个较长的验证周期,恳请社会各界提供和谐宽松的舆论环境和文化氛围,给予他们多一点支持、多一点时间、多一点耐心,这样才更有利于科技进步和科技工作者成长。


2016年11月11日  南通大学刘东课题组和复旦大学王永明教授在Cell Research以Letter to Editor的形式发表了自2016年5月2日文章以来的第二篇NgAgo原创论文“NgAgo-based fabp11a gene knockdown causes eye developmental defects in zebrafish”。该研究没有发现NgAgo能够进行基因编辑,但可以把基因敲低。文章没有支持或者反驳韩教授的结果。


2016年11月15日  由高教出版社、北京生命科学研究院、和中国生物物理学会联合主办、高教出版社和Springer共同出版的开放获取期刊Protein & Cell在线刊登一篇国内外20名生物学家联合撰写的学术评论,题为Questions about NgAgo,首次在学术期刊上,正式地提出NgAgo基因编辑技术的不可重复性。


2016年11月19日  Nature Biotechnology发表线上声明,表达了以下四点:(1) NBT刊登经同行评议的美国、德国、韩国9家单位联合评论文章“Failure to detect DNA-guided genome editing using Natronobacterium gregoryi Argonaute”,即无法实现NgAgo基因编辑功能;(2)对韩春雨论文表达编辑关切,即Editorial Expression of Concern;(3)设定2017年1月期限,限作者予以澄清说明,“provide them with the opportunity to do that by January 2017”; (4) 韩春雨与沈啸同意Editorial Expression of Concern,但另外三位作者反对。


2017年1月9日  国家知识产权局1月9日发布“视为撤回通知书”,显示河北科技大学生物科学与工程学院生命科学系副教授韩春雨与浙江大学基础医学院研究员沈啸作为发明人的“以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术”专利申请被撤回。这一行为,一度被广泛解读为专利申请人对技术可重复性信心不足的表现。然而在1月12日,韩春雨团队发表声明,表示从知识产权保护策略的角度,他们选择采取国际专利向中国递交的方式来保护中国国内专利。



2017年1月19日  河北科技大学发布消息,作为全球工业酶制剂和微生物制剂主导企业的丹麦诺维信公司,与河北科技大学基因编辑技术研究中心在NgAgo-gDNA基因编辑技术工具的合作研发和产业化应用方面已经签署了合作协议,在已达成合作条件的前提下共享各自的NgAgo技术成果,并在未来共同致力于该技术的进一步改进和完善。该公司表示,他们已经测试了该项技术,看到了其可能有用的一些迹象,并且已经向河北科技大学支付了一笔预付款。


同一时间,Nature Biotechnology没有如约在1月底发布结论性结果,他们在声明中指出,目前已经获得了NgAgo系统可重复性相关的新数据,但在做出结论之前还需要进一步分析的发布。韩春雨随后证实,新数据由他们团队提供。


2017年5月9日  Nature Biotechnology在线发布“编辑部关切”(Addendum: Editorial Expression of Concern),表明期刊编辑注意到了读者们对韩春雨2016年5月2日在线发表的有关NgAgo论文重复性的担忧。编辑部已经与韩春雨等作者进行联系,并表示韩春雨他们还在调查这一系列缺少重复性的原因。相关作者已经知晓这份声明,调查还在继续中,韩春雨和沈啸也同意了NBT编辑部的这一关切与声明。但是论文的其他几位作者高峰、Jiang Feng和Yongqiang Wu觉得这个时候发布关切不合适。



央视新闻调查:副教授韩春雨


2017年5月20日  中央电视台CCTV-13频道《新闻调查》栏目播出了以“副教授韩春雨”为题的深度调查节目。其中回顾了NgAgo基因编辑事件的来龙去脉,并播出了韩春雨在2016年12月27日接受央视采访的内容。当时的韩春雨也对一系列质疑做出回应,认为其他实验室无法重复实验的原因可能是大规模细胞污染。而以北京大学生命科学院魏文胜教授为代表的很多国内学者不能接受这样的解释,并将事件上升到了影响中国学术界声誉的层面,认为官方对此事的态度和处理不够明确有效。


2017年8月3日  NBT发表撤稿社论,应该让数据说话,Time for the data to speak。©


对于这篇成败萧何的热文,韩春雨老师在微信公号“知社学术圈”联络后,不愿多说,仅表达“身心疲惫”“我一直在做实验”和“并非假象” 三点意见。


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监制:易艳刚  |  责编:张慧  |  校对:赵岑

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作者:佚名
来源:新华每日电讯